Poziom pyłków i prognoza dla San José

W porze suchej w San José (grudzień–kwiecień) dominuje cyprys meksykański (Cupressus lusitanica); drzewa te często występują na wzgórzach Escazú oraz w parku La Sabana. Cynodon afrykański (Cynodon nlemfuensis) rośnie wzdłuż rzeki Torres, natomiast trawa kikuyu (Pennisetum clandestinum) jest powszechna na pastwiskach na obrzeżach miasta. Silne pasaty przenoszą pyłki z lasów dębowych (Quercus) w pobliskim pasmie Cordillera Central.

Ukształtowanie terenu w formie niecki doliny sprawia, że alergeny zostają uwięzione między pasmami górskimi; w godzinach porannych powietrze jest nieruchome. W porze deszczowej (maj–listopad) odnotowuje się wysokie stężenie zarodników pleśni (Aspergillus, Penicillium); występują one w wilgotnych warunkach w pobliżu rzeki Maria Aguilar oraz w zawilgoconym środowisku miejskim.